Forurening
Forurening med miljøfarlige stoffer skader selvfølgelig også. Udvinding af råstoffer som olie og gas samt anlægsarbejder af broer, dæmninger og landindvinding påvirker også havets arter negativt. Fiskeri med slæbende redskaber som trawl og muslingeskrab har også en negativ indflydelse på havets biodiversitet. Vandstandsstigninger som følge af klimaforandringerne vil få betydning for bl.a. rev, hvor vanddybden har betydning for tilgængeligheden af lys og dermed forekomsten af dyr og planter.
Plastforurening
Forurening med plast er også et stort problem. Mikroplasten kan skade, både ved at dyrene forveksler den med føde, og fordi mikroplasten tiltrækker de miljøgifte, der findes i havet. Dyrene kan så optage giften, når de ved en fejl æder mikroplasten. Større stykker plast kan være farlige for dyr, fordi de kan blive viklet ind i dem mm.
Næringstilførsel
De marine naturtyper er fortsat under påvirkning af for store mængder næringsstoffer tilført fra overfladevand og fra atmosfærisk nedfald. Lidt næringsstof kan indgå i fødekæden til gavn for bestanden af bunddyr og fisk, men i dag er tilførslen i mange af de kystnære områder så stor, at det er skadeligt. Meget næring får alger til at blomstre op, og når de dør og nedbrydes, bruges der store mængder ilt. Det giver iltsvind, som påvirker størrelsen og udbredelsen af fiskebestanden i havene. Det er særligt de kystnære områder, fjorde mm, der er i en dårlig tilstand pga næringstilførsel. Når og hvis forholdene bliver bedre, vil arterne efterhånden vende tilbage. Det kan dog tage lang tid, idet der kan være ophobet store mængder næringsholdig slam på bunden, der kan frigives til vandmasserne.